บทบาทหลัก
ร่วมมือกับภาคีในการกำหนดนโยบายสาธารณะ และมาตรการสร้างเสริมสุขภาพอย่างจริงจังร่วมมือกับภาคี ในการพัฒนาความรู้ และจัดการระบบข้อมูลสารสนเทศเกี่ยวกับการสร้างเสริมสุขภาพพัฒนาขีดความ สามารถบุคลากร และการบริหารจัดการเพื่อสร้างเสริมสุขภาพในองค์กรทุกระดับส่งเสริมบทบาทของสื่อเพื่อ ปรับเปลี่ยนความคิด และพฤติกรรมของประชาชนในการสร้างเสริมสุขภาพเสริมพลังแก่องค์กรของรัฐในการ แก้ปัญหาสุขภาพที่เกิดขึ้นฉับพลันให้ขับเคลื่อนได้อย่างทันเวลา
หมายเหตุ
•    สสส. จัดงบประมาณตั้งต้นหรือสมทบ เพื่อสร้างเสริมสุขภาพ แต่มิใช่จัดงบประมาณให้ในลักษณะงานประจำหรือสิ่งที่มิได้พัฒนาแนวคิด แนวทางใหม่ ๆ
•    สสส. ไม่มีบทบาทหน้าที่ในการเป็นผู้รับผิดชอบปฏิบัติการประจำ หรือปฏิบัติการซ้ำซ้อนกับส่วนราชการ หรือองค์กรเอกชนใด
•    สสส. ไม่มีภารกิจโดยตรงในการให้บริการสุขภาพ แต่อาจสนับสนุนให้การบริหารจัดการระบบบริการสุขภาพสอดรับกับนโยบายสุขภาพ แห่งชาติ

โครงสร้างองค์กร
•    สำนักสนับสนุนการควบคุมปัจจัยเสี่ยงหลัก (Health Risk Control I Section)
•    สำนักสนับสนุนการควบคุมปัจจัยเสี่ยงทางสุขภาพ (Health Risk Control II Section)
•    สำนักสนับสนุนสุขภาวะชุมชน (Healthy Community Strengthening Section)
•    สำนักสนับสนุนสุขภาวะเด็ก เยาวชน และครอบครัว (Healthy Child, Youth, and Family Promotion Section)
•    สำนักรณรงค์สื่อสารสังคม (Social Communication and Campaign Section)
•    สำนักสร้างสรรค์โอกาสและนวัตกรรม (Health Innovation and Opportunity Promotion Section)
•    สำนักสนับสนุนการพัฒนาระบบสุขภาพ (Health Systems Development Section)
•    สำนักสนับสนุนสุขภาวะองค์กร (Healthy Organization Promotion Section)
•    สำนักสนับสนุนสุขภาวะประชากรกลุ่มเฉพาะ (Population Health Promotion section)
•    สำนักพัฒนานโยบายและยุทธศาสตร์ (Policy and Strategy Section)
•    สำนักพัฒนาภาคีสัมพันธ์และวิเทศสัมพันธ์ (Partnership and International Relations Section)
•    ฝ่ายตรวจสอบภายใน (Internal Audit Unit)
•    ฝ่ายอำนวยการ (Administration Unit)
•    ฝ่ายสื่อสารองค์กร (Corporate Communication Unit)
•    ฝ่ายเทคโนโลยีสารสนเทศ (Information Technology Unit)
•    ฝ่ายบริหารงานบุคคล (Human Resources Unit)
•    ฝ่ายบัญชีและการเงิน (Financial and Accounting Section)

หมายเหตุ*
•    พ.ร.บ. สสส. กำหนดให้มีระบบตรวจสอบเข้มข้นที่สุด นอกจากการตรวจสอบโดย สตง. เช่นเดียวกับหน่วยงานรัฐภาคอื่นแล้ว ยังมีการตรวจ สอบโดยคณะกรรมการประเมินผลที่แต่งตั้งโดยคณะรัฐมนตรี และ การตรวจสอบการปฏิบัติงานของฝ่ายบริหารโดยคณะกรรมการ สสส. โดยทุกปี สสส. ต้องรายงานตรงกับคณะรัฐมนตรี สภาผู้แทนราษฎร และวุฒิสภาอีกด้วย
ยุทธศาสตร์ไตรพลัง และ ความสุข 4 ด้าน กาย จิต สังคม ปัญญา
 

สสส. ได้เป็นต้นแบบ สนับสนุนให้เกิดการก่อตั้งองค์กรเพื่อการสร้างเสริมสุขภาพคล้ายกับ สสส. ให้กับนานา ประเทศ ได้แก่ ลาว อินโดนีเซีย มองโกเลีย มาเลเซีย เวียดนาม คาซัคสถาน บังคลาเทศ เกาหลีใต้ และซามัว ล่าสุด สสส. ได้รับเลือกเป็นประธานเครือข่าย สสส. โลก และยังได้รับเลือกให้เป็นเจ้าภาพจัดสัมมนาการสร้าง เสริมสุขภาพโลก (IUHPE World Conference 2013) ซึ่งถือเป็นครั้งแรกที่มีการจัดสัมมนาลักษณะนี้ใน ประเทศกำลังพัฒนาแถบทวีปเอเซีย